ALK融合是炎性肌纤维母细胞瘤（IMT）中常见的致癌驱动因素。克唑替尼治疗对融合阳性患者有效，但获得性耐药仍是一个挑战。本文介绍了一例EML4-ALK阳性转移性IMT病例，该病例最初对克唑替尼有反应，但产生了耐药性。在进展病变中检出“双融合”事件——EML4-ALK与PLEC融合产生PLEC-EML4-ALK转录本。双融合与ALK表达增加有关，类似ALK融合扩增——这是肺癌中已知的克唑替尼耐药机制。在转用更有效的ALK抑制剂阿来替尼后，患者表现出显著缓解。因此，双融合的形成代表了一种新型且可靶向的克唑替尼耐药机制。

背 景

炎性肌纤维母细胞瘤（IMT）是一种遗传异质性的、极为罕见的间叶肿瘤。大约 85% 的IMT以基因组重排为特征，导致基因融合，其中最常见的是ALK相关融合。由此产生的融合蛋白作为致癌驱动因素发挥作用，并被酪氨酸激酶抑制剂（TKI）成功靶向。然而，TKI耐药会不可避免地产生。本文报告了一例转移性EML4-ALK阳性IMT成年患者的病例，其肿瘤通过涉及PLEC-EML4-ALK的新型双融合对ALK抑制剂克唑替尼耐药。双融合与ALK mRNA的更高表达相关，类似ALK融合基因扩增，这是非小细胞肺癌（NSCLC）对克唑替尼的已知耐药机制。据研究人员所知，这是首个关于双融合作为靶向治疗耐药机制的报告。

病 例

患者女，60 岁，因数月咳嗽和发烧加重于 2021 年 12 月就诊于当地医院。胸部CT显示右肺上叶有一个大的肿块，通过手术切除治疗。术后组织学检查诊断为IMT，手术切缘阳性，有胸膜侵犯的证据（图1A、B）。手术三个月后，患者再次出现发烧、咳嗽和体重减轻。CT和PET成像证实存在局部复发性疾病以及转移性扩散到回肠、右锁骨上窝和右大腿软组织。为缓解症状，切除了回肠转移瘤，并将患者转诊至美国科罗拉多大学安舒茨医学院。

▲图1

(A)RUL肺原发性肿瘤（未接受治疗，H&E 10x），2022年3月，可见肿瘤细胞核增大（箭头）和浸润淋巴细胞和浆细胞（圆圈）；(B)肺原发性肿瘤中的ALK免疫组织化学染色（20x）；(C、D)右锁骨上窝（克唑替尼耐药）肿块的穿刺活检（分别为H&E 20x和H&E 10x），2023 年 2 月；(E)转移灶切除术右肺尖（H&E 20x），2023年6月，阿来替尼治疗后可见坏死（星号）；(F)转移灶切除术右锁骨上窝肿块（H&E 10x），2023年6月

对回肠转移瘤进行了基于RNA的下一代测序（NGS）基因融合检测，发现了EML4-ALK融合（EML4 2号外显子至ALK 20号外显子）。支持该融合的reads显示片段延伸至EML4 1号外显子（图2）。患者开始使用ALK抑制剂克唑替尼（250 mg，每日两次）治疗，临床获益迅速，症状缓解。根据RECIST v1.1标准，肿瘤在所有疾病部位保持稳定，直至完成第 5 个周期治疗；此时患者因右侧锁骨上窝肿块增大，导致吞咽和发声困难而再次就诊。CT证实锁骨上肿块单独出现疾病进展，而所有其它部位保持稳定。

▲图2 基于NGS的基因融合评估

对进展性锁骨上淋巴结病变的活检进行基于NGS的融合检测，检测到PLEC-EML4-ALK“双融合”（PLEC各个区域的多种剪接异构体与EML4 2号外显子融合，预计全部为框内融合，图2）。由于支持克唑替尼前样本中EML4-ALK融合的读数显示EML4 1号外显子与2号外显子的剪接，因此确定此融合事件为新发事件，且与克唑替尼耐药性相关。qRT-PCR显示在克唑替尼耐药样本中ALK表达增加了约 4 倍（数据未显示）。未观察到其它潜在耐药机制，包括额外融合、基因突变或拷贝数变化。病情进展后，停用克唑替尼（治疗 24 周后），开始使用更有效的ALK抑制剂阿来替尼（600 mg，每日两次），临床效果迅速显著。3 个周期后，CT和PET影像证实为部分缓解。患者同时切除了右锁骨上窝肿块和右肺尖肿块。病理评估显示对阿来替尼的反应不同，肺肿块坏死加剧（图1E、F）。在肺肿块中检测到PLEC-EML4-ALK融合。在锁骨上肿块中观察到EML4-ALK，但RNA太碎片化，无法确定这是典型的EML4-ALK还是PLEC-EML4-ALK双融合。锁骨上肿块还检出众所周知的ALK耐药突变p.G1202R。患者术后病情迅速恶化，而阿来替尼治疗仍在继续，但锁骨上肿块出现局部复发，并出现新的脑转移。停用阿来替尼后（治疗 26 周后），开始对脑部病变进行放疗以及服用洛拉替尼（每日 100 mg）治疗。在完成 2 个周期洛拉替尼治疗后，第一次扫描显示病情广泛进展。由于患者身体状况恶化，未接受进一步治疗（洛拉替尼治疗共 15 周），最终在初次诊断 22 个月后死亡（图3）。

▲图3 临床治疗时间线

讨 论

靶向融合治疗彻底改变了基因融合阳性癌症（包括IMT）患者的治疗。然而，获得性耐药仍是治疗难题。本文介绍的患者罹患侵袭性EML4-ALK阳性IMT，最初对克唑替尼有反应。随后由于新发重排事件对克唑替尼耐药，该事件产生了“双重融合”，导致融合产物表达增加。

ALK融合基因的基因组扩增是NSCLC中对克唑替尼耐药的已知机制。据推测，由此产生的ALK融合蛋白的过度表达降低了克唑替尼结合其靶点的能力，使足够多的融合蛋白未被药物结合，从而驱动增殖信号传导。在NSCLC中，已经证实更有效的ALK抑制剂可以克服扩增介导的耐药性。在这种情况下，双重融合导致ALK融合基因mRNA表达增加大约 4 倍，这可能是因为PLEC启动子的活性比EML4启动子更强。研究人员假设这种表达的增加与ALK融合基因扩增相仿。当患者改用更有效的ALK抑制剂阿来替尼时，临床获益迅速，进一步支持了这一假设。本研究的局限性包括缺乏原发性肿瘤的分子信息、缺少对克唑替尼耐药肿瘤中ALK蛋白表达增加的确认，以及缺乏对耐药机制的转录组和外显子组范围的评估。总之，本案例研究首次报道了ALK“双融合”导致过度表达作为获得性克唑替尼耐药的机制。

我司实体瘤1560基因融合RNA检测（NGS方法学）可检测ALK融合在内超过1560种已知融合和数百个基因相关未知融合，能够满足几乎所有实体瘤患者的靶向用药、预后评估和辅助诊断相关的基因融合变异检测需求。

参考文献：

Alessandra Maleddu, Trista K. Hinz, Margaret A. Black, Dara L. Aisner, Carrie B. Marshall, Anthony D. Elias, Breelyn A. Wilky, Lynn E. Heasley, Kurtis D. Davies, Novel PLEC-EML4-ALK Double Fusion Underlying Crizotinib Resistance in a Metastatic Inflammatory Myofibroblastic Tumor – Case Report,JTO Clinical and Research Reports,https://doi.org/10.1016/j.jtocrr.2025.100791.