乙型肝炎的抗病毒治疗药物主要有两大类，一类是干扰素，包括长效干扰素和普通干扰素两种，干扰素有包括调节免疫和抗病毒的双重作用。另一类主要是口服核苷类或者核苷酸类药，主要针对乙肝病毒治疗。中国还有一大类降转氨酶的保肝药，对病原没有直接作用，只是能降低转氨酶，减轻肝细胞炎症。
针对病因的治疗，分别有核苷类药物和干扰素。干扰素需采用注射治疗，有些不良反应，适应人群相对窄一些。口服的核苷酸药，让HBVDNA不能复制，不能产生新的病毒，传染性能降低，随着病毒量下降，转氨酶水平下降，炎症得到控制，这样长期服用有效，会改善纤维化，防止肝硬化发生，各种合并症就不会出现。
但是在整个口服抗病毒药过程中，也是要选择一个适当的时期，也就是免疫清除期，确实由病毒复制引起的转氨酶高是合适的治疗时期。同时治疗以后也要随时监测，不是说吃上几周药病就好了，十二周看病毒载量是不是下来，有效可以继续使用。目前认为24周是很关键的节点，如果24周病毒载量下不来，有可能是乙肝病毒适应抗病毒药的变化，可能出现耐药，这时候要改变治疗策略，医生需根据具体病情给与换抗病毒药物或2种抗病毒药物联合治疗。
慢性乙肝抗病毒治疗过程比较长，最终能不能停药?什么时候停药?要看是否达到停药标准，比如从“大三阳”变成“小三阳”以后，至少要巩固一年以上，仍然维持这样的效果，才可以考虑停药。但是有一部分患者停药后还是要复发，要第二次抗复发治疗。如果大三阳病人只是DNA抑制，没有出现E抗原血清转换，停药必然复发。
临床医生应该选择根据不同的病人自身特点选择不同的药。如果用过拉米夫定疗效欠佳者，再用药物就要考虑它的耐药性，以选择不存在交叉耐药的药物。如果是初次治疗病人，不愿意打干扰素，但是希望争取短时间能停下来药，争取E抗原血清转换，口服核苷酸类药里面，有文献表明转阴较高的是替比夫定。替比夫定在中国的三期注册临床实验中，E抗原血清转换率比拉米夫定要高。所以，乙肝患者如果选择口服抗病毒药，想获得E抗原血清转换比较高，又不愿意打针的话，可以选择替比夫定。