贝加尔湖作为欧亚大陆上最大的淡水湖，它的淡水总量大约是23.6万亿立方米，占到了世界地表淡水的20%还要多，与中国相比，更是中国所有淡水资源总和的8倍。可惜的是，这个淡水资源如此丰富的湖泊在过去曾属于中国，是在《尼布楚条约》中被割让给了沙皇俄国，这对中华民族来说是一个巨大的损失。

贝加尔湖中有着俄罗斯85%的淡水资源，面积又大，水产资源也是非常的丰富，是俄罗斯主要的渔场之一。在这里还有非常奇特的一点，那就是作为一个淡水湖，人们却在这里发现了很多海洋生物，除了大量的海豹、鲨鱼、龙虾，还有海螺、海绵等海洋生物，这里为何会有这么多的海洋生物也是近年来诸多科学家研究的课题。

近年来，贝加尔湖的水污染问题也是非常的严重。在俄罗斯全国41个污染最严重的城市中，有5个就在贝加尔湖所在地区--伊尔库茨克州，水污染导致了很多疾病，多种疾病的发病率这里也都比其他的州要多。由于过度开发导致的水污染，滥砍乱伐造成湖周围的陡坡水土流失，失去调节湖水平衡的作用。再到砍伐过后的废木材和大量的工厂废水排入，湖水受到极大的污染。

最大的问题是在冷战时期的遗留，当年苏联开始制造原子弹和氢弹，选择在距离贝加尔湖不过千里的地方试爆，一直到现在，贝加尔湖都在受核辐射的影响，多次检测都是超标。