衣原体感染能够引起许多疾患。其中对泌尿系统的感染常被称为非淋菌性尿道炎(nongonococcal urethritis，NGU。在非淋的病原体检测中，沙眼衣原体的发现率占到了40%-60%。

　　女性感染衣原体不限于尿道，可累及整个泌尿生殖器官，此类感染常因缺乏自觉症状或症状轻微而忽视了治疗，造成传染源而扩散，形成危害。

　　女性衣原体感染比男性感染引起的症侯要多，其主要感染部位为宫颈，由此垂直感染给新生儿，以至发生PID等，其后遗症多导致不孕症。

　　无症状感染(缺乏症状反应)：由于本病缺乏自觉症状，则局部病象便成为诊断的一个重要指标，表现为阴道有脓样分泌物，亦可为粘液或浆液性。分泌物量较多(为中等量)，稍有臭味。阴道粘膜为正常颜色，但常伴有宫颈糜烂。

　　衣原体性宫颈炎：当伴发宫颈炎时、宫颈发红，有浆液或脓性分泌物增加、阴道内糜烂扩大，易于出血等症状。镜检下阴道分泌物的所谓“阴道清洁度”多为III度以上。沙眼衣原体主要侵犯宫颈的柱状上皮细胞，而磷状上皮细胞常不被侵犯，故阴道，宫颈局部没有改变。

　　宫颈炎的主要症状是白带增多，不时出血及小腹部疼痛等一般症状，无特异性表现，多因其性伴患有尿道炎而来院就诊。

　　衣原体性输卵管炎，本症多由宫颈炎并发引起。用腹腔镜直接从输卵管抽吸物标本中，约30%以上检测出衣原体，病情经过多数较轻、下腹部可有轻微疼痛，一般体温不高，但血沉稍快。由于这种非典型经过，使病人拖延就医，往往引起子宫附件损害，形成输卵管炎的后遗症，其最主要表现是输卵管性不孕症。

　　盆腔炎(PID)：PID不是固定疾患的用语，凡在盆腔内感染症，如宫内感染，输卵管炎等附件炎症波及盆腔腹膜特定的部位感染均可称之为PID，由CT引起的PID主要是由宫颈炎上行感染所致。其主要表现是急腹症型。

　　部分患者可导致宫外孕、流产、不孕、死胎及新生儿死亡。有些病人除不孕外，可无任何症状。也可通过产道传染，引起婴儿眼结膜炎、鼻炎、中耳炎、肺炎及阴道炎等。