疼痛可由EM或者和其它的因素共同引起，并可由其它因素引起而EM又仅为巧合。对某些患者来说终止疼痛很难或不可能治愈，而合并EM无症状者是不需要治疗的。治疗原则也仅是手术治疗，但必须个体化。甄别哪些患者不需要治疗呢，哪些又需中等程度治疗或多方面干预又较为困难。
 
 
EM所知疼痛经常不可预测，且疼痛很难量化，且受患者本身的影响。疼痛可由EM和/或其它因素共同引起，也可由其它因素引起而EM仅作为巧合。对某些患者而言疼痛很难或不可能治愈，而EM无症状者则不需治疗。保证患者适度治疗尤为必要。
 
对病灶的认识比手术技巧更重要。“金标准”对内异症科研和临床治疗都有价值，然而目前这种“金标准”尚未形成。近距离接触式腹腔镜探查能发现180~200μm小病灶，而该类病灶在常规腹腔镜探查和开腹手术时难以辨认。小病灶可能因为体积而被遗漏，大病灶可能因为所处特殊部位而被漏诊。深部病灶可能容易触及而不易看到。有篇报道66例子宫内膜异位囊肿未得到组织学证实。虽无诊断 “金标准”，当取出组织后，均应进行组织学检查。组织学检查结果被视为诊断标准。
 
口服避孕药控制症状后且不可触及包块者可免于手术，可进一步尝试口服NSAIDs，尤其适用于十多岁的患者。疼痛增加不孕症患者接受腹腔镜探查术的机会。
术前药物治疗有助于缩小直肠阴道隔包块、卵巢囊肿和功能囊肿，停止治疗6个月后，包块往往又恢复至原来大小。
 
期待疗法的依据是，一些EM病灶可自行消退，本法更适用于药物治疗能控制的肠道、输尿管和直肠阴道隔EM疼痛，可避免广泛盆腔手术的并发症。
经活检证实且无触痛，病灶接近肛门边缘1.5~6cm，可考虑行低位肠吻合术，力求首次吻合术成功。直肠阴道隔内异症包块持续生长并压迫阴道后壁，结肠吻合术成功的可能性大大降低。
 
开腹手术是外科治疗的标准术式，对只能触及的结节、腹膜后探查、肠管检查和深部病灶优于腹腔镜术。与深部肠道病灶相关、持续存在的严重盆腔痛不适于腹腔镜手术。开腹手术更适于前次腹腔镜术后盆腔疼痛持续存在以及肿瘤较大的患者。
 
腹腔镜手术可适于小至180μm的病灶。监视器放大图像，提高分辨能力。
凝固和汽化适用于大多数病例，但切除>14mm病灶及游离输尿管和肠管时需应用电切。CO2激光常用于深部病灶的精确切除。剪刀、双极电凝或电凝钩和单极电切也较普遍应用，精确性亦高。
腹腔镜手术与开腹手术比较似乎更优越，但对于广泛病灶及深部病变切除具有操作复杂、技术要求高等缺点，此类灶更倾向于开腹术。
 
手术的范围依患者病史、体格检查和手术目的而定。第一种方法适用于不孕症或盆腔触痛明显但未触及结节的首次手术患者。第二种方法适于有结节或疼痛和触痛为主诉的患者。第三种方法指肠道手术、输尿管吻合及移植术。
微创手术常用于不孕症或有散在结节的年轻患者;保守性手术包括深部切开和所有可识别病灶的切除;半保守性手术是指切除子宫保留卵巢;根治性手术指经腹子宫和双侧输卵管卵巢切除术，但允许残留一定的病灶，尤其位于肠管、输尿管或其它重要脏器。这种根治性手术是通过外科绝经而治愈EM。最彻底的手术不仅包括经腹子宫和双侧输卵管卵巢切除尚需切除所有可触及和可见的病灶，包括肠管、输尿管和其它重要脏器病灶。少用的方法是双输卵管卵巢切除而保留子宫，以备体外授精之用。
 
第一种方法，对所有可辨认的病变进行凝固并松解粘连，常用双极电凝或热电凝和剪刀。
第二种方法适用于以前接受过腹腔镜手术的患者或病史及体查表明病变位于深部组织。包括激光汽化或单极电凝，剥除和切除异位病灶。
第三种方法适用于可触及较大结节或其它治疗无效患者。术前需行静脉肾盂造影术、钡餐灌肠透视、结肠镜检查、超声检查术等。术前应对开腹探查、结肠切除、肠吻合和输尿管移植的可能作出充分准备。
 
种植灶≤2mm者治疗前需活组织检查，热凝固影响组织的辨认。汽化或切除适用于病灶较大者。
对深部病灶，切除比汽化更准确，>2mm的病变不适于单电凝、双极电凝、热灼烧、氩氖激光和钾-钛-磷酸盐(KTP)激光。钕：钇-铝-石榴石(Nd：YAG)激光适用于5 mm病灶。对于>5 mm的病变需要深部电汽化或切除。切除时用剪刀、电刀或激光从切开的腹膜进入疏松结缔组织，然后分离，并切除组织。若组织过大不能经trocar取出，可离碎或经阴道取出。
患者可为腹膜后深部受累但腹膜只有少许或无病变。该类情况常难以诊断，手术极具挑战性。
宫颈后方和道格拉斯窝深部EM需经阴道穹窿和直肠放置探针协助诊断。若阴道探针能展开后穹窿，则无受累依据，一般而言，当直肠阴道隔膜受累时，后穹窿或宫颈后方往往受累。
 
OEM根据病变大小予以不同处理，>5mm的子宫内膜异位囊肿行腹腔镜活检和激光凝固、汽化或切除。5mm~2cm的病变根据术中情况相应处理，但往往有极不规则浸润，治疗时要深于健康间质内2~4 mm。
2~5cm的囊肿，可行切开囊壁剥除，切开部位应在囊肿低位处，可避免肠粘连。当包膜与卵巢门血管粘连时，应采用凝固而不主张剥离，以避免撕破血管。
当子宫内膜异位囊肿>5cm时，腹腔镜手术历时较长。此外，尚有丧失卵巢功能的可能。分期操作初次腹腔镜手术时引流、活检和凝固囊肿的内壁。超声监测卵巢确定是否应用药物治疗。如囊肿复发，则行二次腹腔镜手术。
 
肠管附近触及肿瘤、直肠阴道隔压痛、直肠阴道隔变浅、经期直肠出血或腹腔镜切除病变后疼痛持续时应考虑肠管累及，辨认以触诊为主，对于<1cm的病变，触诊比视诊更准确。
肠管病变可表现为大部分肿物突入肠腔内。约50%的阑尾病变触诊比视诊更易确认。少数病变行钡灌肠、结肠镜检查、超声检查、CT或MRI扫描时发现。结肠镜检查的优点是可直接排除肠管肿瘤。
腹腔镜尝试于肠管浸润变形并引起疼痛和触痛的患者行部分切除术，均告失败，患者立即剖腹行肠管切除术。尽管尝试对表面的病变进行切除，但因术后持续疼痛和触痛不得已行剖腹手术。有鉴于此，对持续疼痛的患者应采用药物抑制疗法或直接剖腹手术。
直肠阴道隔肿瘤深部直肠乙状结肠切除与吻合的可能性大，更适合剖腹手术。距肛门外缘≥1.5cm需低位肠道吻合器，距离<6cm发生肠瘘者约为25%。
病变向骶部或盆底延伸浸润宫骶韧带，肛诊检查更为优越。如果这个部位术前未发现病变，术中往往漏治。怀疑肌层受累时，应考虑普外科会诊、钡灌肠、乙状结肠镜检查和结肠镜检查以排除肠癌。
拟行剖腹手术的患者应行肠道准备。此外，术前储备自体血。症状与肠管浸润无关的不孕症患者一般避免肠道手术。
 
膀胱种植灶达到5mm者，处理原则同腹膜病灶。病灶较大、发展较快时应考虑有深肌层受累。病变≥2cm伴盆腔疼痛或影像学证实输尿管扭曲时，需行剖腹手术切除部分膀胱。
 
子宫内膜异位症位于输尿管区，有两种处理方式。其一液体游离法，即将注射液体注入输尿管周，液压将输尿管与手术区分离。另一技术是进输尿管区腹膜切口，将腹膜牵向中线，钝头探针推开输尿管，或激光切开输尿管鞘。
若输尿管难以从腹膜游离，提示子宫内膜异位浸润输尿管，止血也可能损伤输尿管。如输尿管被切断或挫伤，多数观点认为不应在病变区吻合，而需移植。
 
子宫内膜异位症分期手术由Semm和Donnez提出，是指首次手术尽可能去除病灶，给予3~9个月的激素抑制疗法后，观察是否有症状或再次腹腔镜手术切除残余病灶并松解粘连。
卵巢子宫内膜异位囊肿的分期手术是指在首次腹腔镜手术中抽尽囊液，冲洗、探查、活检和囊内壁凝固。本法保留更多健康卵巢。术后依病情用或不用药物抑制疗法，超声监测随访，如囊肿复发，需行二次腹腔镜手术。
子宫内膜异位症累及输尿管、肠管或主要血管时，应保留部分，经观察证实治疗能显著缓解症状者，则不需行剖腹手术或药物治疗;若疼痛持续存在，应考虑药物治疗、二次腹腔镜手术或剖腹手术。手术后EM症状显著，二次腹腔镜术应切除残留灶或复发灶。二次腹腔镜手术尤其适用于年轻复发患者。
 
有研究表明，LUNA对治疗EM有帮助，持反对意见者则认为，此手术没有积极意义。目前尚无证据表明LUNA能增加疼痛治疗效果。
PSN能显著降低中央性经期疼痛，但对其它疼痛无疗效。作为积极方面，PSN对痛经有效;但总体而言，痛经者全部行盆腔神经切断术缺乏充分证据。
 
性腺外子宫内膜异位症恶变率很低，但以子宫内膜样癌最为常见，透明细胞癌也有报道。文献表明，阴道直肠隔部EM切除后，接受抗雌激素、Enovid及长效甲孕酮治疗后发生恶变。15%~20%的卵巢子宫内膜样腺癌由子宫内膜异位症演变而来。
 
EM治疗原则是手术治疗，但需个体化。腹腔镜下凝固适用于表面EM，切除术旨在消除EM。当发现EM是伴随疾病时则不需治疗，因EM可能为自限性疾病。区分哪些患者需要治疗，哪些不需治疗以及需要何种治疗方法较为困难，但终极目标是确保适度治疗。