典型的肛瘘，从外观上就能做出初步的判断，因为在患者的肛门周围和臀部的皮肤表面，常有一个或多个破口，表现为凹陷或突起，有脓液流出，甚至肛周呈湿疹样改变。但若做出精准的诊断，还需结合指诊、探针、染色、B超甚至核磁等才能减少误诊或漏诊。
 
 
①局部触诊：触诊包括肛外触诊和肛内触诊。肛外触诊对于表浅的肛瘘常可触及瘘管的走向，直瘘还是弯曲瘘等，如果有两个外口以上还可触及瘘口之间是否存在联系，是多个单纯瘘(每个外口均有一个内口)还是复杂性肛瘘(外口多而内口仅有一个)。肛内触诊主要是确定内口位置以及了解肛管直肠环的硬化程度。一般肛瘘内口会出现凹陷、突起、压痛、硬结等，与其它部位具有较明显差别。如果是黏膜下瘘管通过触诊能感觉瘘管的长度、走行、是否存在肠腔狭窄等，一旦肠腔出现狭窄，还应注意与直肠占位的区别。对于深部瘘管有时手指难以摸清其走行，尤其是耻骨直肠肌上括约肌间瘘，触诊更加困难重重，常需要结合其它
 
检查方法作出诊断。
 
 
②探针检查：探针检查是一个传统而又非常有效的检查手段，如果是简单直瘘，很容易由外口至内口探出，但如果瘘管弯曲甚或瘘管走行复杂或支管较多，盘根错节，则探针很难发挥特长。
 
 
③肛门镜检查：在寻找内口时，应重点观察齿线部位是否充血、红肿以及是否存在分泌物或脓液等，尤其是挤压瘘管后，应观察可疑内口是否上述情况有所加重。
 

 
 
④染色法：从外口注入亚甲蓝溶液或亚甲蓝与过氧化氢混合液，观察内口染色部位，另外染色后可通过寻找染色所经路径，明确瘘管行径。
 
 
⑤造影法：可选用30%～40%碘化油或60%泛影葡胺。造影剂由外口注入，在X线下观察瘘管的走行及内口的位置。但缺点是瘘管走行虽然清晰可见，但肛周肌肉关系不能显影，因而不够全面，只能对瘘管走行做大致判断。
 
 
⑥腔内超声及肛门内镜超声：腔内超声能清晰分辨肛瘘主管走向，支管的分布、数量及内口位置，其准确率与超声探头的频率及病变的深度有关。内镜超声是一种将内镜与超声相结合的综合技术，在内镜顶端装配微型超声探头，可以显示管壁各层次及周围结构的清晰图像。
 
 
⑦三维可磁共振(MRI):MRI软组织分辨率高，能直接三维成像(额状位、矢状位、轴位)，可清晰显示瘘管的走行及与括约肌的关系，能准确描绘肛门内外括约肌、肛提肌及耻骨直肠肌的解剖结构，特别是压脂后，肌肉图像更加清晰。此外，该技术对于判定各种肛瘘是否愈合更具有临床意义。MRI技术缺点是费用昂贵，一般医院难以开展。
 
总之，临床上应根据肛瘘的复杂程度，选用一种或几种检查方法，对肛瘘的走行、内口部位以及与括约肌的关系作出准确判断，才能准确祛除病灶，减少复发。
 
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