1、针对的人群不同：城镇居民基本医疗保险即社保，覆盖范围是具有非农业户籍、不在城镇职工基本医疗保险覆盖范围的城镇居民。而新农合针对的人群是农村户口的人群。

2、系统管理不同：新农合是卫生局的业务，而城镇医保属于社保系统管。

3、筹资水平不同，报销比例也有区别。城镇职工医保政策范围内住院费用报销比例达80%以上，城镇居民医保和新农合政策范围内住院费用报销比例分别达70%左右和75%左右。

4、报销上的差别：新农合参合农民的个人账户的钱，目前可以在自己县区的基层医疗机构使用，却没办法像医保卡一样随时刷卡。而城镇医保是在各个区域方便，可随时报销，如果跨区域看病的话，还需先到医保部门备案，自费后再报销。

合作医疗是年满16周岁，未参加城镇职工基本养老保险的农村居民，可在户籍地自愿参保。由个人缴费、集体补助、政府补贴构成。在年满60周岁、未享受城镇职工基本养老保险待遇的农村有户籍的老年人，可以按月领取养老金。

社保是在参加工作的，有部分由自己缴纳，一部分由公司缴纳：有养老、医疗、工伤、失业、生育、公积金（五险一金）。社保中的医疗保险是可以享受门诊报销，住院优惠。是企业与个人都需要支付费用，但个人当月缴纳的医疗保险费，全都转账到自己的医保卡或者存折上，相当于个人也不用缴纳费用。平常都可以使用这个账户的钱来购买药品或交费。

社保卡合医保卡区别：一是医保卡的应用范围窄，只用于医疗保障范畴，而社保卡应用领域宽，可用于人力资源和社会保障等；二是医保卡只能在固定区域内使用，而社保卡执行全国统一标准，全国通用；三是医保卡安全等级较低，容易被复制，而社保卡安全等级较高。