如果银行在还款日当天会进行第二次扣款，第一次扣款失败或者扣款金额不足，在还款日当天会发起二次扣款。而银行在还款日当天只扣款一次，那么不管第一次扣款有没有成功，在当天都不会发起第二次扣款。因此，为了避免出现逾期，用户应该在还款日之前就将还款资金存入银行卡中。

系统自动扣款的时间是不固定的，但是也有规律可循，如果连续几个月都在同一个时间段扣款，那么用户的公积金贷款扣款时间就基本已经固定了。

公积金贷款扣款时间是每月20号，按照先公积金账户余额再还款卡金额的顺序进行扣款，如果公积金账户余额足够扣款则不会再扣银行卡的钱，公积金账户余额不足再从银行卡里扣除。而一般公积金贷款每月还款日只会扣款一次，在贷款还清之前会进行二次扣款，甚至是三次扣款，按照有多少扣多少的原则，直到把当月应还欠款扣收回款为准。

公积金扣款会二次补扣，前提是首次扣款失败。