肠道菌群与免疫系统相互作用，可能有助于预防社区获得性肺炎（CAP）。肠道病毒与这些菌群紧密结合，但这些菌群在CAP患者中的组成及临床意义尚不清楚。

这项探索性研究的目的是在CAP患者住院期间表征直肠菌群和病毒群的组成，并确定微生物群特征是否与临床预后相关。

研究人员对2016年10月至2018年7月期间入住荷兰大学或社区医院的CAP患者和对照组进行了一项前瞻性观察队列研究。分别采用16S核糖体RNA基因测序和二代病毒发现测序对受试者的直肠细菌组和病毒组组成进行了分析。采用无监督多组因素分析评估细菌和病毒群落的共变异，作为主要预测因素。临床预后是病情稳定时间和住院时长。

CAP患者和对照个体的肠道菌群丰度差异

共纳入了64位患者和38位对照。CAP患者的直肠细菌α (p=0.0015)和β多样性(r2=0.023, p=0.004)与对照组的不同。细菌和病毒的微生物群特征与临床病情稳定下来的时间（风险比[HR] 0.43, 95%CI 0.20-0.93, p=0.032）和住院时长（HR 0.37, 95CI 0.17-0.81, p=0.012）相关，虽然只有后者在检验多个候选切入点的p值调整后仍然显著（p值分别是0.12和0.046）。

细菌和病毒微生物群特征与CAP患者的临床预后的相关性

总之，这项探索性研究提供了初步证据，表明肠道菌群和病毒群特征可能与CAP患者的临床预后有关。在独立队列中验证这些探索性数据时，可以为基于微生物的诊断小组的发展提供信息，用于预测CAP患者的临床预估。

原始出处：

Robert F.J.Kullberg, et al. Rectal bacteriome and virome signatures and clinical outcomes in community-acquired pneumonia: An exploratory study. EClinicalMedicine. August 11, 2021. https://doi.org/10.1016/j.eclinm.2021.101074