2020年1月20日国家卫生健康委发布公告，将新型冠状病毒肺炎纳入乙类传染病并按照甲类传染病管理，我国法定传染病病种增加至40种。2020年（2020年1月1日0时至12月31日24时），全国（不含香港、澳门特别行政区和台湾地区，下同）共报告法定传染病5806728例，死亡26374人，报告发病率为413.63/10万，报告死亡率为1.88/10万。

2020年全国法定传染病按类别统计：一是甲类传染病共报告发病15例、死亡3人，其中鼠疫报告发病4例、死亡3人（其中1例为2019年报告病例），霍乱报告发病11例、无死亡。报告发病率、死亡率分别为0.0011/10万、0.0002/10万。报告发病数较2019年报告发病数减少6例，死亡增加2例。二是乙类传染病中传染性非典型肺炎、脊髓灰质炎、人感染高致病性禽流感和人感染H7N9禽流感无发病、死亡报告，其他共报告发病2673213例，死亡26286人，报告发病率为190.42/10万，较2019年下降13.4%；报告死亡率为1.87/10万，较2019年上升4.7％。报告发病数居前5位的病种依次为病毒性肝炎、肺结核、梅毒、淋病和新型冠状病毒肺炎，占乙类传染病报告总数的92.2%；报告死亡数居前5位的病种依次为艾滋病、新型冠状病毒肺炎、肺结核、病毒性肝炎和狂犬病，占乙类传染病报告总数的99.5%。三是丙类传染病中丝虫病无发病、死亡报告，其余共报告发病3133500例，死亡85人，报告发病率为223.21/10万，报告死亡率为0.0061/10万。报告发病数居前5位的病种依次为流行性感冒、其他感染性腹泻病、手足口病、流行性腮腺炎和急性出血性结膜炎，占丙类传染病报告总数的99.8％；报告死亡的病种依次为流行性感冒、其他感染性腹泻病、手足口病、流行性腮腺炎、包虫病和黑热病，占丙类传染病报告死亡总数的100%。

2020年全国甲乙类传染病按传播途径统计：一是肠道传染病发病106894例，死亡25人，报告发病率为7.61/10万，较2019年下降29.4%，报告死亡率为0.0018/10万，较2019年下降5.3%。二是报告呼吸道传染病发病779556例，死亡6558人，报告发病率为55.53/10万，较2019年下降12.9%；报告死亡率为0.47/10万，较2019年上升1.2倍。报告死亡率上升主要是由于2020年法定传染病病种新增了新型冠状病毒肺炎。三是报告自然疫源及虫媒传染病发病58253例，死亡262人，报告发病率为4.15/10万，较2019年下降27.2%，报告死亡率为0.019/10万，较2019年下降28.1%。四是报告血源及性传播传染病发病1728491例，死亡19443人，报告发病率为123.13/10万，报告死亡率为1.39/10万，分别较2019年下降11.9%和10.4%。