汤普森沙门氏菌是一种相对罕见的血清型，通常与海鲜无关。之前的汤普森沙门氏菌引起的疫情主要与牛肉、鸡肉和绿叶蔬菜有关。

流行性病学调查显示，在2021年5月至10月期间，15个州的115人感染了汤普森沙门氏菌。大多数患者报告说，科罗拉多州在发病前食用过海鲜。爆发菌株是在丹佛的一家海鲜分销商和加工商发现的，那里发现了由于消毒不足而存在交叉污染的机会。

2023年5月12日发表MMWR-MORBIDITY AND MORTALITY WEEKLY REPORT的文章报道了相关的研究。在2021年7月，科罗拉多州公共卫生和环境部（CDPHE）实验室使用全基因组多位点序列分型（wgMLST）确定了五种肠道沙门氏菌血清型汤普森分离株，这些分离株在一个等位基因差异中相互关联。

经实验室确认的与疫情有关的汤普森沙门氏菌病例的发病日期

CDPHE的环境卫生服务部（DEHS）进行了追溯调查。DEHS从涉案的海鲜分销商和加工设施收集了客户名单和三种独特产品的五个样本。在这五个样本中没有发现爆发菌株。2021年9月22日，FDA在涉案的分销商和加工设施进行了海鲜危害分析关键控制点检查以及环境采样。在该设施的地板和地板排水管的132个环境拭子中，有13个（9.8%）发现了爆发菌株。检查还发现了生鱼交叉污染的几个机会，包括使用高压软管在新鲜产品上产生背板。其他实质性发现包括消毒剂浓度不足，凝结物滴落到产品接触表面，以及用戴手套的手去除地板排水管中的水，与排水管接触后不更换手套。

根据PulseNet或Illumina MiSeq配对端WGS标准操作程序，在CDPHE实验室对2020年的21个科罗拉多分离株和2021年97个分离株进行了全基因组测序（WGS）。根据PulseNet指南，使用BioNumerics进行这些分离物的组装和分析，BioNumerics是一个用于管理微生物数据的软件应用程序。结果被提交给PulseNet国家数据库，然后进行查询，以提取FDA收集的所有与爆发相关样本和环境样本的WGS数据。使用BioNumerics对每个基因组进行wgMLST，以生成相似性矩阵（所有可能的配对比较的等位基因差异数量的矩阵）。使用带有算术平均算法的未加权对组方法对矩阵进行了聚类分析，这是一种基于相似性顺序逐步构造树状图的方法。

总体而言，WGS结果支持了流行病学数据，表明2020年和2021年疫情的共同感染源，在2021年被确认为常见的海鲜分销商和加工商。基于遗传相似性，最大的爆发相关分离物组包含100个样本，包括2020年和2021年的临床分离物，以及2021年的9个环境分离物，所有等位基因差异均为零。在112个临床分离株中，WGS分析结果表明没有抗生素耐药性，这意味着对提供者的治疗建议没有影响。

这项研究表明汤普森沙门氏菌除了由牛肉、鸡肉和绿叶蔬菜引起外，还有可能是由于食用海鲜导致的。研究结果为未来判断汤普森沙门氏菌的来源提供了一个新的来源，为阻止和防控汤普森沙门氏菌的疫情以及相关的疾病检测提供新的思路。

原始出处

Shen AQ, Dalen A, Bankers L, et al. Multistate Outbreak of Salmonella Thompson Infections Linked to Seafood Exposure — United States, 2021. MMWR Morb Mortal Wkly Rep 2023;72:513–516. DOI: http://dx.doi.org/10.15585/mmwr.mm7219a2