因为试管婴儿技术本身有缺陷，所以确定该技术的应用也有风险。举例来说，通常为了获得数天更多的成熟卵子，会对病人使用促排卵药物，这会导致卵巢过度刺激综合症，导致卵巢功能早衰，同时也可能增加卵子携带变异基因的机率，并且有可能在取卵过程中对妇女身体造成伤害或感染。

　　由于试管婴儿的成功率很低，为提高受孕成功率，多数采用一次植入多个胚胎的方法。但这会导致多胎率的上升。而且多胎会增加孕妇早产，体重过轻，并发症的风险。若有不止一个胚胎在植入后正常发育，则人工减胎可降低多胎率，但减胎过程本身也同样具有风险。较好的方法是结合胚胎冷冻技术，采用单胚移植。如果一次治疗失败了。在下一疗程中取出冷冻胚胎。

　　虽然没有直接证据显示试管婴儿比一般婴儿先天、缺陷率高，或者在智力发展上存在差异。但是在 IVF技术，特别是 ICSI技术被应用的时候。精子携带的缺陷基因传给后代的风险增加。此外，对于由不明原因引起的不孕不育，采用试管婴儿技术有可能使不.明缺陷基因也有机会在整个人类的基因进化过程中得以保存和传播，因此后代可能产生的影响仍然难以预测。

　　对于 PGD技术，以及由此而来的 PGS、 PGH等其它技术，都是以对多细胞胚胎中一个卵裂球的遗传诊断为基础的。但由于胚胎染色体的镶嵌现象，诊断的风险就在于所选择的细胞能否真正反映出整个胚胎的特征。错误的阴性结果会导致错误的胚胎选择，而错误的阳性结构会导致放弃正常的胚胎。

　　它的伦理问题一直影响着各种思想体系，也是很难有意识地衡量的。